Pylony i obeliski (Pylon III-VI)
Salę Hypostylową zamyka Trzeci Pylon, wzniesiony za Amenhotepa III. Portyk przed nim nosi dekoracje Setiego i Ramzesa II. W pylonie znaleziono bloki z wcześniejszych budowli, m.in. z tzw. Białej Kaplicy Senusereta I (w muzcum-skansenie), kaplicy Amenhotepa I i II, tzw. Czerwonej Kaplicy Hatszepsut (w muzeum-skansenie).
Za Thotmesa I niewielka przestrzeń między III a IV Pylonem (zwana czasem Dziedzińcem Obelisków lub Dziedzińcem Amenhotepa III) była wejściem do przybytku Ipct-isut.
W czasie święta Opet lub Pięknego Święta Doliny przechodziły tędy święte barki Triady Tebańskiej. Wyobrażenia tych procesji (barki Amona i króla Amenhotepa III) pokrywały tylną ścianę północnego skrzydła III Pylonu. Widać delikatny relief z barką, której fragmenty pokrywa jeszcze żółta farba. Południowe skrzydło III Pylonu po stronie wschodniej zdobi długa, częściowo zachowana inskrypcja Amenhotepa III. Za pylonem stały dwa obeliski Thotmesa I i Thotmesa III zaznaczające wejście do pierwotnej świątyni. Zaginiony obelisk Thotmesa I (północny, do dziś zachował się piedestał) pokrył inskrypcją Thotmes III. Obelisk stał jeszcze w 1731 r., ale pozostał tylko jeden. Jedynie od wschodu zachowała się oryginalna inskrypcja Thotmesa I, a na stronie północnej i południowej pozostawiono listę jego tytułów.
Później na obelisku umieszczali swoje napisy Ramzes IV i Ramzes VI.
Pylon IV z czasów Thotmesa I stanowił kiedyś główne wejście do kompleksu świątynnego. Między IV a V Pylonem znajdowała się dawna sala hypostylowa z czasów Thotmesa III dekorowana przez Ramzesa II. Przed IV Pylonem stały filary ozyriackie, po południowej stronie mające Białą Koronę, a po północnej – Czerwoną. Nieco asymetrycznie na północ od osi stoi obelisk królowej Hatszepsut, którego wykonanie i transport z Asuanu pokazują reliefy w Ad-Dajr al-Bahri (Deir el-Bahari) i Czerwonej Kaplicy. Oba obeliski sprowadzono na uroczystość święta Sed. Królowa kazała na szczycie umieścić piramidiony z odbijającego promienie słoneczne naturalnego stopu srebra i złota.
Stojący obelisk należy do najbardziej znanych obiektów w Karnaku.
Jest poza tym najwyższy w Egipcie (29,5 m) i waży ok. 323 tony.
Na północnej stronie wypisano tytuły Hatszepsut. Góra obelisku różni się od smukłej podstawy, za co odpowiada Thotmes III, który wokół obelisku kazał wznieść mur zasłaniający napisy królowej. Na północ od niego znajdują się dwa rzędy po trzy kolumny papirusowe (niegdyś złocone), a na południe są dwa rzędy po cztery kolumny To jedna z najstarszych części świątyni. Górna część południowego obelisku leży w częściach niedaleko świętego jeziora.
Za obeliskami znajdował się V Pylon, a za nim przedsionek przed Pylonem VI. Ten wąski symetryczny placyk dzieliły granitowe wrota Thotmcsa III i kolumnada Thotmesa I. Przejście przez wrota prowadzi do perystylu Thotmesa I (resztki poligonalnych kolumn). Sala ta nosi nazwę Pokoju Annałów. Niewiele pozostało z VI Pylonu Thotmesa III, choć nadal widać listę podbitych narodów. Na dziedzińcu wznoszą się dwa przepiękne filary z ostatnich lat życia Thotmesa, tzw. filary heraldyczne z wypukłym reliefem przedstawiającym rośliny Dolnego i Górnego Egiptu – papirus i lotos. Wschodni i zachodni bok filarów pokazuje w kolorowym jeszcze reliefie króla obejmowanego przez Amona-Re, Mut, Hathor i Amaunet. Zachowały się kartusze z imieniem króla Thotmes Neferchcpru. W północnej części dziedzińca stoją dwie wielkie figury Amona i Amaunet, które kazał wyrzeźbić młody Tutanchamon.