Kaplice boczne i podziemne krypty
Sanktuarium otacza 11 kaplic dedykowanych różnym bóstwom, które wręczają Hathor atrybuty jej boskości: święte sistrum (rodzaj grzechotki) oraz naszyjnik menat, symbolizujący moc uzdrawiania. Wejście do nich znajduje się w obiegającym sanktuarium Korytarzu Misteriów. Tuż nad wejściem do korytarza przedstawiono Hathor jako krowę w drewnianym naosie na świętej barce [r]. Dalej są kaplice Nomu z Dandary, potem kaplica Izydy, Sokarisa,
Harsomtusa, a w samym rogu kaplica Sistrum Hathor [s], gdzie w niszach ukazano Hathor i koronację jej syna Ihy na boga muzyki. Wchodzi się tu przez ciemną salę Per-Nu [t], gdzie bogini wsiadała do barki przed podróżą do Edfu.
Na innych reliefach Hathor towarzyszą Izyda i Maat. Obok jest kaplica Per-Ur [u], gdzie rozpoczynała się procesja Nowego Roku (19 lipca). Za kaplicą, położoną dokładnie na osi sanktuarium, leży malutka kapliczka Hathor.
Na zewnątrz budynku wyrzeźbiono na ścianie uszy, którymi bogini wysłuchiwała próśb wiernych.
Obok kaplicy Per-Ur znajduje się kaplica Per-Neser, sanktuarium Tronu Re [v], skąd wraz ze strażnikiem (konieczny bakszysz) można zejść w dół do wąskiej krypty, ozdobionej wyobrażeniami I lathor, naszyjnikami menat i kwiatami lotosu, symbolami miłości. W kaplicy boginię przedstawiono w złowrogim wcieleniu lwicy. Obok sanktuarium Tronu Re jest kaplica Re [w], pod którą przechowywano drogocenne przedmioty. By dotrzeć do tzw. czystego miejsca [x], czyli kaplicy Nowego Roku, należy z sali Enneady wejść do pasażu, stamtąd na tzw. Dziedziniec Pierwszej Uroczystości.
Sanktuarium na dachu
Przed opuszczeniem świątyni należy koniecznie zwiedzić sanktuarium na dachu schodami z obu końców Sali Ofiar. Zachodnią klatkę schodową zdobią symbole bogini i różnorakie aspekty święta Nowego Roku.
W południowo-zachodniej części dachu jest kiosk słoneczny z 12 hatoryckimi kolumnami, zwany kaplicą Dysku, gdzie posąg Hathor oczekiwał na pierwsze dotknięcie promienia słonecznego, ożywiającego ba bogini na kolejny rok. Do odnowienia sił bóstwa służyły też inne komnaty na dachu za fasadą sali hypostylowej (nie wszystkie dostępne). Pomieszczenia są niewielkie i ciemne, ale ozdobione reliefami. W jednym z nich (po południowej stronic; na lewo) zachowały się wyobrażenia Ozyrysa na marach, przy którym Izyda i Neftyda odprawiają magiczne rytuały ożywiania. Bóg przechodzi przez magiczne wrota do krainy zmarłych, aby zmartwychwstać i zapłodnić Izydę. Pierwsza komnata pokazuje sceny z darami pogrzebowymi Ozyrysa (urny kanopskie): na suficie ponownie widać Nut i astronomiczne znaki. Na drugiej części sufitu znajduje się kopia słynnego Zodiaku z Dandary (Luwr). Zodiak to wyobrażenie kosmicznych aspektów w misteriach Ozyrysa.
Hathor
Hathor (imię to oznacza Dom Horusa), to egipska bogini nieba występująca jako krowa lub kobieta z gtową (rogami) krowy i dyskiem słonecznym. Pełniła rolę mamki Horusa, więc była karmicielką faraonów. Niektóre mity czyniły z Hathor matkę Horusa, choć powszechnie była nią Izyda. W Dandarze, głównym miejscu jej kultu, czczono ją jako żonę Horusa. Raz do roku udawała się z pielgrzymką do Edfu na Święto Pięknego Spotkania ze swym mężem.
Po przybyciu na miejsce w tamtejszej świątyni odbywały się pełne przepychu uroczystości, po czym boska para konsumowała swój związek, z którego rodził się syn – Harsomtus. Wierni uczestniczyli w wielkim Święcie Pijaństwa, celebracji ponownej nocy poślubnej boskiej pary. Hathor była boginią miłości i tańca, ale też boginią zmarłych (w Ad Dajr al Bahri). W Memłis była Panią Sykomory, w Górnym Egipcie – boginią palm, czczono ją jako Panią Nubii, Puntu, Byblos, Synaju i Turkusów (opiekunka górników).
Jej atrybutem było sistrum (grzechotka). Egipcjanie wierzyli też w Siedem Hathor – bóstw wyznaczających los nowo narodzonemu.
W Okresie Późnym uważano, że kobieta po śmierci identyfikuje się z Hathor, podobnie jak mężczyzna z Ozyrysem. Grecy utożsamiali ją z Afrodytą.