Pustynia
96% terytorium Egiptu to pustynia, którą rozdziela Dolina Nilu. Na zachodzie aż do granicy z Libią ciągnie się Pustynia Zachodnia (Libijska; 681 km2), w większości piaszczysta, gdzie niektóre wydmy dochodzą do wysokości 300 m. To Wielkie Morze Piasku zajmuje 600 km między oazą Siwa na północy a Gilf Kebir na południu. Ze wschodu na zachód ma przeciętnie 250 km szerokości, a na południu nawet 400 km; na południowym zachodzie sięga Sudanu. Część obszaru to pustynia żwirowa, niemal pozbawiona szaty roślinnej. Panuje tu skrajnie suchy klimat zwrotnikowy, o dziennych wahaniach temperatury dochodzących do 30°C. Na południu roczna suma opadów wynosi 3-25 mm. W depresji Munchafad al-Kattara dominują słone piaski i okresowe słone 'jeziora. Pod ich powierzchnią są duże złoża ropy naftowej. Występują tu dość specyficzne zjawiska przyrodnicze, jak burze piaskowe, fatamorgany i burze podzwrotnikowe. Na Pustyni Zachodniej jest kilka większych oaz, takich jak Siwa, al-Bahrijja (Bahariya), ad-Dachila (Dachla, Dakhla), al-Farafira i Charga. Rząd egipski planuje nawodnienie tego obszaru i stworzenie wielkich gospodarstw rolniczych (Nowa Dolina).
Na wschód od Nilu rozciąga się Pustynia Wschodnia (Arabska), zajmująca 25% powierzchni kraju. To skalisty płaskowyż opadający ku Morzu Czerwonemu, poprzecinany suchymi wadi okresowych rzek i szczytami gór Atbąj.
Synaj
Pustynny i skalisty półwysep Synaj uważa się za strukturalne przedłużenie Pustyni Wschodniej.
To silnie zerodowana wyżyna, która w części południowej ma charakter górzysty. Tutaj wyrasta najwyższy szczyt Egiptu – Góra św. Katarzyny (2637 m n.p.m.). Południowe brzegi półwyspu stromo opadają ku Morzu Czerwonemu. Wąski pas północnego wybrzeża przybiera wygląd płaskiej, łagodnej nadmorskiej równiny.
Na Synaju występuje wyjątkowa różnorodność fauny i flory. Żyje tu koziorożec nubijski, góralek abisyński, biczogon egipski i wiele ptaków, jak choćby kruk czy dziwonia. Na południowym wybrzeżu niektóre brzegi porastają typowe dla strefy tropikalnej namorzyny (mangrowce).
Są tu również jedne z najpiękniejszych i najbogatszych raf koralowych.
Wybrzeża
Wąski pas wybrzeża północnego (Morze Śródziemne) jest wyjątkiem, gdyż panuje tu klimat podzwrotnikowy typu śródziemnomorskiego, występują niewielkie opady, a średnia roczna temperatura stycznia to 12-14°C. Piaszczyste wybrzeże z wydmami łagodnie schodzi do morza, tworząc liczne mielizny, a czasami słone bagna.
Wybrzeże Morza Czerwonego jest miejscami skaliste, a w morzu ciągną się rafy koralowe. Niektóre brzegi porastają namorzyny (mangrowce), formacje słonorośli typowe dla strefy tropikalnej. Gnieździ się tu wiele gatunków rzadkich ptaków, bezkręgowców, ryb, żółwi (m.in. rzadki żółw szylkretowy) i krabów.
Czasami można spotkać diugonia.