Wstęp do sztuki amarneńskiej stanowi sala nr 8. Wzrok przyciąga słynna trumna z grobowca KV55 z Doliny Królów: po dłuższych badaniach i wielu wątpliwościach ustalono, że może należeć do faraona-heretyka Echnatona. Ponad wszystkimi eksponatami górują kolosy Echantona ze świątyni Atona z Karnaku (ok. 1350-1333 p.n.e.). Można również obejrzeć malowidła na gipsowej zaprawie z pałacu w Achetatonie (Tell el-Amarna), przedstawiające zarośla papirusowe i kaczki, posążki Echantona oraz niedokończoną głowę Nefertiti z ciemnego kwarcytu.
Sztuka amarneńska była odbiciem przebudowy stosunków w Egipcie, związanych ze zmianą religii państwowej, której dokonał Amenhotep IV Echnaton. Sztukę z tego okresu cechuje swoisty realizm, a nawet naturalizm. Nowa tematyka i nowy styl odróżniają sztukę owych czasów od dzieł znanych z historii Egiptu. Kolos Echantona ze świątyni z Karnaku przedstawia chudego mężczyznę z wyraźną tendencją do tycia, szerokich, niemal kobiecych biodrach, o nieładnej, podłużnej twarzy i grubych wargach.
W sali nr 13 przed atrium stoi słynna Stela Zwycięstwa Merenptaha (ok. 1212-1202 p.n.e.), opisująca triumf króla nad Ludami Morza, gdzie po raz pierwszy w dziejach Egiptu pojawia się słowo „Izrael”: jeszcze nie jako państwo, ale plemię. W atrium stoją kolosalne posągi Amenhotepa III i Teje z Teb Zachodnich (ok. 1387— 1350 p.n.e.), sarkofag Hatszepsut, naos Ramzesa II i sarkofag Merenptaha, użyty powtórnie przez Psusennesa.
Jest też kilka zabytków z innych epok: drewniane łodzie Senusereta III (XII dynastia) z okolic piramidy w Dahszurze oraz piramidiony (zakończenia piramid) z czarnego granitu z Sakkary.
W następnych pomieszczeniach zgromadzono sztukę XIX i kolejnych dynastii. W sali nr 9 stoi kilka posągów Ramzesa II. W sali nr 10 dominuje polichromowane popiersie Merenptaha (granit), malowany wapień przedstawiający Ramzesa pokonującego wrogów (ok. 1279-1212 p.n.e.). Wśród tych rzeźb niemal ginie niewielki posąg Tutanchamona z Teb Zachodnich.
W sali nr 15 przyciąga uwagę polichromowany posąg królowej Meritamon trzymającej w dłoni naszyjnik menat. Tu też można obejrzeć posąg stojącego Ramzesa III (ok. 1184-1153 p.n.e.) oraz figurki Nachtymina i jego żony (II połowa XIV w. p.n.e.).
We wschodnim skrzydle zgromadzono zabytki z Okresu Późnego, a następnie grecko-rzymskiego. Tradycyjnie za kres Nowego Państwa uważa się koniec panowania XX dynastii: upadek potęgi Egiptu, rozbicie na wiele walczących o hegemonię księstw. Wśród wielu dzieł wyróżnia się niewielki posążek Osorkona III ze świątyni Amona w Karnaku (ok. 788-760 p.n.e.), posąg kubiczny Jahmesa (bazalt; ok. 664-525 p.n.e.), głowa posągu Szabaki (713-698 p.n.e.; różowy granit) czy posąg Amenirdis, siostry faraona Szabaki, z tebańskiej świątyni (713—
698 p.n.e.). Dalej są przykłady sztuki egipskiej okresu saickiego (XXVI dynastia), kiedy świadomie nawiązywano do dawnej potęgi Egiptu, a dzieła na pierwszy rzut oka trudno odróżnić od zabytków Starego Państwa.
Pierwsze piętro
Na piętrze jest wiele wystaw tematycznych, z których najbardziej uczęszczaną jest kolekcja zabytków Tutanchamona oraz sale z mumiami.
Najbardziej interesująca jest kolekcja z zabytkami z grobu Tutanchamona, zajmująca sale nr 3, 7, 8, 9, 10, 13, 15, 20, 25, 30, 35, 40 i 43. Zazwyczaj zwiedzanie zaczyna się od sal nr 10 i 9, z łożami pogrzebowymi ze złotą skrzynią, gdzie były ukryte urny kanopskie, zawierające wnętrzności faraona. W sali nr 8 stoją cztery kaplice grobowe pokryte złotą blachą, strzegące sarkofagu króla. Są też osobiste przedmioty faraona: wachlarz, laski, trąbka itp. Niesamowite wrażenie wywołuje zbiór rękawic, w tym rękawiczka dziecinna, którą ktoś przechował do czasu śmierci władcy. Sala nr 13 to ekspozycja rydwanów króla, łuków i strzał. W sali nr 20 stoją modele łodzi, a obok przyciąga wzrok śliczna główka Tutanchamona-chłopca, wyłaniająca się z kwiatu lotosu. W sali nr 35 są: stoliki do gry w senet, pokryta złotą blachą kaplica na posążek i słynne trony młodego władcy, w tym ten ze sceną w ogrodzie i wyobrażeniem Atona oraz imionami w wersji amarneńskiej (stąd datowanie na początek panowania Tutanchamona).
Ciekawostka to liczne uszebti – figurki, które towarzyszyły władcy w drodze na tamten świat. W sali nr 45 warto obejrzeć dwa posągi ka faraona ze złoconego i pokrytego czarną żywicą drewna, dwa złocone posągi króla w białej i czerwonej koronie oraz ceremonialną tarczę.
Najwspanialsze zabytki znajdują się w skarbcu (sala nr 3). Pośrodku króluje słynna złota maska mumiowa Tutanchamona, a wokół ścian i w gablotach eksponuje się klejnoty, sztylety (jeden z ostrzem z żelaza), naszyjniki i pektorały ze złota, elektronu, lapis-lazuli, karneolu, skalenia i pasty szklanej, złote plakietki, bransolety, ceremonialną kamizelkę (bardziej klejnot niż zbroja), berło i bicz. Po lewej od wejścia ustawiono dwie trumny. Obok widać złote sandały króla, dar grobowy.
Aby obejrzeć królewskie mumie, trzeba przed wejściem wykupić osobny bilet, uprawniający do wejścia do dwóch sal (po przeciwnych stronach budynku: sala nr 52 i sala nr 56; 100 EGP).
W sali nr 56 znajdują się mumie najważniejszych władców Egiptu: Sekenenre III. Ahmose I, Amenhotepa I, Thotmesa II, Thotmesa III, Amenhotepa III, Thotmesa IV, Setiego I, Ramzesa II, Merenptaha, Ramzesa III i innych Ramzesów W sali nr 4 zgromadzono najwspanialszą egipską biżuterię. Są tu m.in. proste bransolety i złote naczynia królowej I Hetepheres, głowa sokoła z Hierakonpolis (VI dynastia). Najpiękniejsze klejnoty pochodzą z czasów Średniego Państwa — znaleziono je w Dahszurze i przy piramidzie w al-Lahun. To naszyjniki, diademy, bransolety, ureusze i pektorały wykonane z taką precyzją i delikatnością, że wywołują zachwyt. Znaleziska z grobowca królowej Jahhotep (wczesna XVIII dynastia) wprowadzają w epokę Nowego Państwa. Z tego okresu pochodzą słynny naszyjnik z wisiorkami w kształcie much, naszyjnik ze skarabeuszem czy ceremonialny topór króla Jahmesa (ok. 1550-1525 p.n.e.). W gablotach zamknięto złote bransolety Ramzesa II z motywami dwóch kaczek (lapis-lazuli) i złote przedmioty z Bubastis z czasów Ramzesa II. Spośród skarbów ptolemejskich i rzymskich należy wyróżnić złotą bransoletę z okolic Bubastis, bransolety z agatami z czasów Hadriana, tzw. skarb z Dush (oaza Charga): diadem z wizerunkiem Serapisa (II w.), oraz naszyjnik ze złotych plakietek (II/III w.).